LEGO DC Super-Villains предлагает историю о том, как Лигу Справедливости заменил Синдикат Справедливости из альтернативной вселенной Земли-3, и только Харли Квин, Женщина-кошка, Лекс Лютор и десятки разношерстных злодеев, объединившись в Легион Судьбы, могут остановить планы пришельцев и вернуть любимых героев назад в нестабильный кубический мир.